Основная деятельность ГПБУ «Мосэкомониторинг» — осуществление государственного экологического мониторинга на территории города Москвы.
Учреждение создано в июне 2001 года по решению Правительства Москвы, находится в подчинении Департамента природопользования и охраны окружающей среды города Москвы.